Για δεύτερη χρονιά, το Πανεπιστήμιο Αιγαίου εφαρμόζει ένα πρότυπο σύστημα εγγραφής των πρωτοετών φοιτητών, με την ονομασία ΑΚΑδημία. Πρόκειται για ένα πρόγραμμα που στοχεύει αφενός στη ζεστή υποδοχή και ομαλή ένταξη των νέων φοιτητών στην πανεπιστημιακή κοινότητα του Αιγαίου και αφετέρου στην αναβάθμιση των διοικητικών διαδικασιών και την ελαχιστοποίηση της γραφειοκρατίας.
Η επιτυχία που γνώρισε η πιλοτική εφαρμογή του προγράμματος στα Πανεπιστημιακά Τμήματα της Μυτιλήνης το 2007, ενθάρρυνε την επέκταση του προγράμματος και στα υπόλοιπα νησιά που φιλοξενούν Τμήματα του Πανεπιστημίου Αιγαίου.
Πιο συγκεκριμένα, στο πλαίσιο του προγράμματος ΑΚΑδημία, οι πρωτοετείς φοιτητές, με τη βοήθεια ενός ιδιαίτερα εύχρηστου ιστότοπου - www.aegean.gr/2008 -, έχουν την ευκαιρία να γνωρίσουν τη διαδικασία εγγραφής και να προετοιμάσουν το σύνολο των απαιτούμενων δικαιολογητικών πριν φτάσουν στη Σχολή τους. Έτσι, φτάνοντας στο Πανεπιστήμιο χρειάζεται να κάνουν ελάχιστα πράγματα για να ολοκληρώσουν την εγγραφή.
Η διαδικασία εγγραφής γίνεται σε ειδικά διαμορφωμένους χώρους, οι οποίοι ενθαρρύνουν την όσμωση μεταξύ των φοιτητών (όλων των Τμημάτων και ετών), των διδασκόντων και του διοικητικού προσωπικού. Οι πρωτοετείς παρακολουθούν μια ενδιαφέρουσα παρουσίαση του Πανεπιστημίου, καθοδηγούνται για την συμπλήρωση των απαιτούμενων εντύπων, ενώ παράλληλα έχουν τη δυνατότητα να συζητήσουν με διδάσκοντες από το Τμήμα τους.