Οι σχέσεις κράτους και εκκλησίας έχουν τόσο θεσμικά όσο και φιλοσοφικά αποσαφηνιστεί οπο την ίδια τη διαφορά δομής και αποστολής μιας κοσμικής εξουσίας και ενός πνευματικού φορέα. Προκύπτει η ανάγκη διάκρισης των ρόλων και διαχωρισμού του κράτους ως πολιτειακής δομής και της εκκλησίας ως πνευματικού σχήματος.
Η εκκλησία ως μη πολιτικός θεσμός υπάγεται στη συνταγματική νομιμότητα, η διοίκησή της δεν αποτελεί στεγανό εξουσίας και κράτος εν κρατεί. Η κρατική έννομη τάξη περιλαμβάνει και τη νόμιμη λειτουργία της διοίκησης της ιεραρχίας που οφείλει να εναρμονίζει τα της οργάνωσης και λειτουργίας της με τη συνταγματική αρχή της δημοκρατικής νομιμότητας. Αποτελεί επιβίωση θεσμικού αναχρονισμού, εκλογικοκομματικής σκοπιμότητας για τη διατήρηση και με το σύνταγμα του 2001 του ιδιότυπου κρατικοεκκλησιαστικού μορφώματος που αποτελεί δημοκρατική αλλοίωση και πολιτική οπισθοδρόμηση.
Η ηγεσία της ιεραρχίας που διεκδικεί εθναρχικό ρόλο και με διχαστικό λόγο θέλει να επιβληθεί ως θεσμικός καθοδηγητής της λειτουργίας των δημοκρατικών θεσμών με ευχές ή με αφορισμούς, με κηρύγματα απϋ τον άμβωνα ή οικονομικές διεκδικήσεις δημόσιας περιουσίας, επιδιώκει πολιτικό ρόλο και κοσμική δύναμη ως αυτόνομο κέντρο ισχύος που στο όνομα της πίστης θέλει να θέσει υπό έλεγχο τη δημόσια σφαίρα της κοινωνικοπολιτικής οργάνωσης.
Eίναι μεγάλη ευθύνη τόσο της Νέας Δημοκρατίας όσο και του ΠΑΣΟΚ που με αγαστή σύμπραξη εγκατέλειψαν στην αναθεώρηση του συντάγματος του 2001 την αναγκαία διάκριση κράτους και εκκλησίας συντηρώντας αυτό το δισυπόστατο της ελληνικής πολιτείας.
Πρόσφατα αναδείχθηκε σ' όλη του την έκταση το πρόβλημα παρακρατικών κυκλωμάτων και μηχανισμών παραεξουσίας που
επηρεάζουν την δικαιοδοτική λειτουργία της πολιτείας, την εξωτερική πολιτική αλλά και την εσωτερική νομιμότητα.
Κυκλώματα προσώπων που έχουν στο χέρι δικαστές και δικαστικές αποφάσεις, που αλωνίζουν στους τομείς εξωτερικής πολιτικής, που διακανονίζουν οικονομικά συμφέροντα, που εμπορεύονται δημόσια περιουσία και συναλλάσσονται συστηματικά σε τομείς οργανωμένου εγκλήματος όπως η διακίνηση ναρκωτικών και μαύρου χρήματος, δεν είναι δυνατόν να κρύβονται κάτω από καμιά δικαστική τήβεννο, κάτω από κανένα ιερατικό ράσο, κάτω ατπ6 καμία κρατική λεοντή.
Ο χωρισμός Εκκλησίας και κράτους ωςπεριεχόμενο της επόμενης συνταγματικής αναθεώρησης είναι υπόθεση που πρέπει να αρχίσει άμεσα, ειδάλλως θα σέρνονται και θα κακοφορμίζουν τα προβλήματα, περιμένοντας πότε θα αποφασίσουν τα δυο μεγάλα κόμματα να στέρξουν στην συνταγματική πρόβλεψη του χωρισμού των ρόλων μεταξύ Εκκλησίας και κράτους.